通往5个异世界的门开启，被称作Z/X的生物们出现在这世界上的数年后，当初纷争不断的人类与Z/X之间的关系也逐渐安定，主角各务原安昙为了在“青之世界”治疗重病与名为莉洁儿的Z/X结下契约成为搭档，被指定要入学某间学校。入学日当天，学校被卷入了足以毁灭世界存在的“伊涅鲁玛”战斗中。战乱时，在学校为了对抗伊涅鲁玛而建的传动轴中，安昙偶然与4位学生相遇，并一同对抗“伊涅鲁玛”。陷入危机的她们，被学校的学生会小队拯救。临时组成队伍的她们成为正式小队，与学校的伙伴们一同投身与“伊涅鲁玛”的战争中。
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